Los Caballeros Jedi se han dispersado por toda la galaxia, dirigiendo ejércitos de clones para enfrentar a los Separatistas Galácticos, tres años después del inicio de las Guerras Clon.
El Canciller Palpatine fue secuestrado y el Maestro Jedi Obi-Wan Kenobi y su padawan Anakin Skywalker tienen como misión rescatar al canciller y eliminar al Conde Dooku y al General Grievous.
Tras ser rescatado, Palpatine fortalece su amistad con Anakin para convencerlo de los beneficios del Lado Oscuro de la Fuerza.
Cuando la Orden Jedi descubre que el canciller es el siniestro Lord Sith Darth Sidious, los Jedi y la República Galáctica se encuentran ya a merced de los Sith.
