En 1938 el doctor Jones es contratado por el empresario estadounidense Walter Donovan para encontrar el Santo Grial.
Para su nueva aventura contará con la ayuda de la doctora Elsa Schneider, sin saber que tanto ella como Donovan están relacionados con los nazis.
Los nazis secuestran al padre de Indiana para obligarlo a encontrar el Santo Grial, pero éste logra liberar a su padre y Donovan y Schneider mueren.
Indiana y su padre afianzan su relación y el Santo Grial desaparece junto al templo en el que se hallaba.