La Federación de Comercio bajo las órdenes de Darth Sidious ha bloqueado el pequeño planeta de Naboo, gobernado por la joven Reina Padmé Amidala.
El Jedi Qui-Gon Jinn y su padawan (aprendiz) Obi-Wan Kenobi rescatan a Padmé y la convencen para que vaya a Coruscant, la capital de la República y sede del Consejo Jedi, y trate de neutralizar esta amenaza.
En el camino son atacados y deben aterrizar en el planeta Tatooine, donde conocen a un niño llamado Anakin Skywalker y Qui-Gon siente una presencia fuerte de la Fuerza en él y presiente que puede ser el Elegido de la profecía Jedi, que aportaría equilibrio a la Fuerza.
Tras varios viajes, Qui-Gon Jinn y Obi-Wan Kenobi (ya convertido en caballero Jedi) se encuentran con el sith Darth Maul, asesino personal de Darth Sidious, quien mata a Qui-Gon Jinn y luego es vencido por Obi-Wan Kenobi.
En sus últimas palabras, Qui-Gon le pide a Obi-Wan que entrene a Anakin.
