En 1957 el doctor Jones es secuestrado por agentes de la Unión Soviética para revelar la localización exacta de un cadáver alienígena. Tras escapar, el antropólogo se entera de que los soviéticos quieren la calavera de cristal de Akator para llegar hasta una misteriosa ciudad habitada por muertos vivientes.
Según la leyenda, el que devuelva la calavera obtendrá los misteriosos poderes de ella esconde.
Finalmente Indiana logra devolver la calavera, que desaparece cuando un gran OVNI emerge del lugar.