Después la Batalla de Naboo, la galaxia se encuentra al borde de una guerra civil. Muchos sistemas solares amenazan con la secesión de la República Galáctica bajo el mando del Conde Dooku, un Jedi renegado discípulo de Darth Sidious.
Tras un intento de asesinato de la senadora Padmé Amidala, la anterior reina de Naboo, el Padawan (aprendiz) Anakin Skywalker es asignado para protegerla, mientras que a Obi-Wan Kenobi, su maestro, le asigna la investigación del intento de asesinato.
Al poco tiempo se desata la batalla de Geonosis, librada entre la República y los Separatistas, que daría inicio a las Guerras Clon.
El Conde Dooku pelea con Obi-Wan Kenobi y con Anakin Skywalker, a quien le amputa el antebrazo derecho, pero escapa tras ser derrotado por Yoda que acude en su ayuda.
Le implantan a Anakin un brazo mecánico y al poco tiempo se casa en secreto con Padmé en Naboo.
